TUGAS BIOINFORMATIKA
NCBI (National Center Biotechnology Information)
EMBL-EBI (European Molecular Biology Laboratory- European
Bioinformatics Institute)
Ayu
Andriyani
M0412012
JURUSAN
BIOLOGI
FAKULTAS
MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS
SEBELAS MARET
SURAKARTA
2014
NCBI
(National Center for Biotechnology Information)
NCBI merupakan server yang memuat data base dan
informasi tentang biomedis dan bioteknologi. Data base mencangkup DNA, protein,
senyawa aktif dan taksonomi yang selalu mengikuti penelitian terkini. Disamping
data base, NCBI juga menyediakan berbagai macam software untuk analisis DNA,
protein 3D, pencarian primer, pencarian conserve domain dan lain sebagainya.
NCBI
memiliki database dan software (analysis tools) yang sering digunakan di bidang
biologi untuk analisis antara lain sebagai berikut:
A. DNA-RNA
TOOLS
1. GenBank
Bank
Gen merupakan bagian dari database nukleotida internasional yang bekerja sama
dengan DataBank of Japan (DDBJ), the European Molecular Biology Laboratory
(EMBL), dan GenBank at NCBI.
2. BioSystems
Database
yang berisi tentang korelasi biologi dari gen, protein dan small molecule berdasarkan literature. Kita dapat menggunakan untuk
menganalisis fungsi protein dan interaksi protein pada level sel.
3.
Database
of Expressed Sequence Tags (dbEST)
GenBank
yang berisi short single-pass reads of cDNA (transcript) sequences/EST.
4.
Database
of Genome Survey Sequences (dbGSS)
GenBank
yang berisi short single-pass reads of genomic DNA/GSS.
5.
BLAST
(Basic Local Alignment Search Tool)
Software
yang dapat digunakan untuk menentukan homologi suatu urutan DNA atau asam
amino.
B.
SEQUANCE ANALYSIS
1.
Primer-BLAST
Software
yang dikembangkan dari algoritma PRIMER3 untuk mendesain primer berdasarkan
sequence yang dimasukkan. Software ini dilengkapi dengan fasilitas automatis
BLAST urutan PRIMER hasil prediksi dengan genbank untuk memperoleh primer yag
spesifik.
2.
Open
Reading Frame Finder (ORF Finder)
Software
yang diperuntukkan untuk mengidentifikasi OFR (open reading frames) atau menterjemahkan
urutan DNA menjadi asam amino.
C. DOMAIN
DAN STRUKTUR PROTEIN
Dengan
tools ini kita bisa mengetahui beberapa sekuens protein yang memiliki motif
asam amino yang membentuk struktur terkarakteristik. Struktur bisa disajikan
dalam dua dimensi maupun tiga dimensi sehingga dapa disesuaikan dengan
kebutuhan.
D. PubChem
Overview
PubChem menyediakan
informasi mengenai property dan aktivitas biologis dari satu molekul.
Program ini merupakan bagian dari NIH's Molecular Libraries Roadmap
Initiative. Informasi yang dapat diakses melalui PubChem meliputi substansi
suatu molekul, struktur penyusun, dan data Bioactivity, semua itu
secara berturut-turut ada pada 3 database primer yaitu Pcsubstance,
Pccompound, dan PCBioAssay.
1.
PubChem Substance
Database berisi informasi umum mengenai struktur
kimia, sinonim, nomor registrasi, deskripsi, website dan referensi
terkait yang terhubung dengan PubMed, struktur 3D protein, dan hasil screening
biologis.
2.
PubChem Compound
Database berisi gambaran informasi tervalidasi
yang disediakan untuk mendeskripsikan dengan lebih lengkap suatu substansi pada
PubChem Substance, sehingga diketahui property dari suatu
substansi atau molekul. Berbagai macam struktur senyawa yang tersimpan di dalam
PubChem Compound Database telah terlebih dahulu dikelompokkan dan
direferensi dengan mengidentifikasi berdasarkan kelompok yang memiliki
kesamaan. Pada PubChem Compound juga disediakan informasi mengenai property
dan deskripsi untuk mencari dan memilih suatu struktur kimia atau senyawa.
3.
PubChem BioAssay
Database berisi informasi mengenai Bio Aktivitas
suatu senyawa yang telah dideskripsikan pada PubChem Substance. PubChem
BioAssay juga menyediakan informasi dari masing-masing hasil uji biologis.
Disamping berbagai macam software yang dimiliki, NCBI juga
memiliki suatu buku yang mencakup hal-hal mengenai biomedis, yang bisa di
download atau digunakan secara online. Buku ini mencakup topik tentang biologi
molekuler, biokimia, biologi sel, genetika, mikrobiologi. Dengan adanya buku
ini, masyarakat luas yang hendak mengakses berbagai macam hal berkenaan dengan
biologi, khususnya biomedis dapat dengan mudah didapatkan.
NCBI juga menyediakan tools PubMed dan PMC yang merupakan layanan penyedia jurnal baik berbayar maupun
gratis yang selalu terupdate dengan penelitian-penelitian terbaru sehingga bisa
dijadikan sebuah sumber literature untuk penelitian selanjutnya.
European Bioinformatics Institute
European
Bioinformatics Institute merupakan bagian dari European Molecular Biology
Laboratory yang menyediakan database tentang biologi. Berikut merupakan
beberapa ilmu yang ada di EMBL-EBI :
·
Ensembl project
- database genom untuk vertebrata dan spesies eukariotik lainnya (bersama
dengan Wellcome Trust Sanger Institute )
·
UniProt -
database urutan protein dan informasi fungsional (bersama dengan Swiss Institute of Bioinformatics dan Informasi Protein Sumber Daya)
0 komentar:
Posting Komentar